Um den Ursprung der Maine Coon ranken sich verschiedene Geschichten und Mythen.
Das Aussehen der frühen Maine-Katzen, speziell der buschige Schwanz, erinnerte die Einwohner der Neuengland-Staaten stark an einen Waschbären (engl. coon oder racoon). So entstand der Mythos, dass die Maine Coon aus der Verpaarung Katze mit Waschbär hervorgegangen sein soll, was aber biologisch unmöglich ist.
Eine andere Geschichte handelt von einem Kapitän Coon, der als Handelskapitän die Neuengland-Staaten bereiste. Wenn der Kapitän von Bord ging, folgten ihm seine langhaarigen Schiffskatzen, und während er Handel trieb, paarten sich seine Katzen mit den Hafenkatzen. Und wenn nach neun Wochen wieder irgendwo eine langhaarige Katze in einem Wurf lag, so lautete der Kommentar: „Wieder eine Coon-Katze!“
Eine dritte Theorie lautet, dass sie aus der Kreuzung langhaariger Katzen der französischen Königin Marie Antoinette (von der man weiß, dass sie langhaarige und flauschige Tiere liebte und von der in der Tat viele Privatsachen in einem Schiff nach Amerika/Maine kamen) mit einheimischen Katzen entstanden sind.
Eine vierte Legende geht davon aus, dass es sich bei den Maine-Coon-Katzen um Nachkommen von Norwegischen Waldkatzen handelt, die um das Jahr 1000 n. Chr. mit dem Wikinger Leif Eriksson als Schiffskatzen nach Neuengland gelangt waren und sich dort vermehrten. Die Waldkatzenrassen sind sich in der Tat alle relativ ähnlich.
Andere Autoren vermuten, die Maine Coon sei durch natürliche Selektion aufgrund der sehr kalten, harschen Winter in Neuengland entstanden, in denen nur die stärksten, größten und an den Winter am besten angepassten Katzen überleben konnten.
Dem entgegen steht die Tatsache, dass derartige evolutionäre Anpassungen wesentlich längerer Zeiträume bedürfen. Erste Hinweise auf langhaarige Katzen im Maine-Coon-Typ sind erst für die zweite Hälfte des 19. Jahrhunderts belegt. Die Vereinigten Staaten sind ein Einwandererland. Praktisch jedes Schiff hatte zur Rattenbekämpfung Schiffskatzen an Bord und auch besser gestellte Einwanderer werden ihre Haustiere mitgebracht haben. Sehr wahrscheinlich ist das Langhaar-Gen bei Katzen auf diese Weise in die USA gekommen.
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